Guía docente de Tecnología del Dna: Pcr, Hibridación in Situ y Secuenciación de Dna (M31/56/1/5)

En el presente curso se pretende actualizar los conocimientos sobre ácidos nucleicos y las más recientes técnicas de estudio y avances en las mismas así como su aplicación y uso en el campo de medicina regenerativa. Se estudiará la preparación de DNA de células eucariotas, los procesos de clonación, obtención de sondas y su marcaje, análisis de DNA y RNA. Se estudiará con mayor profundidad la tecnología de la PCR y los principales avances en la misma así como las técnicas de hibridación in situ. Se analizará la tecnología de secuenciación génica incluyendo las técnicas de secuenciación masiva y su aplicación.

En el caso de utilizar herramientas de IA para el desarrollo de la asignatura, el estudiante debe adoptar un uso ético y responsable de las mismas. Se deben seguir las recomendaciones contenidas en el documento de "Recomendaciones para el uso de la inteligencia artificial en la UGR" publicado en esta ubicación: https://ceprud.ugr.es/formacion-tic/inteligencia-artificial/recomendaciones-ia#contenido0

• El alumno deberá adquirir los conocimientos básicos para su iniciación en la utilización de las principales técnicas genómicas
• El alumno deberá conocer los últimos avances científicos en el campo de la tecnología del DNA y medicina regenerativa
• El alumno será capaz de manejar el análisis funcional de genomas mediante matrices de DNA
• El alumno será capaz de aplicar técnicas básicas de DNA en diferentes muestras biológicas
• El alumno será capaz de manejar las técnicas de PCR, hibridación de ácidos nucleicos, y secuenciación de DNA

1. Técnica de la PCR y su aplicación biomédica

• 1.1. Introducción y consideraciones generales de la PCR
• 1.2. Fundamentos de la RT-PCR cuantitativa.
• 1.3. Características de las DNA polimerasas termoestables.
• 1.4. Diseño de cebadores. Características de los oligonucleótidos
• 1.5. Tipos de PCR: PCR convencional, PCR inversa, RACE-PCR, PCR en tiempo real, PCR in situ, PCR digital. Otros tipos de PCR.
• 1.6. Aplicación en medicina regenerativa y aplicaciones en patología tumoral cáncer

2. Técnicas de Hibridación de ácidos nucleicos:

• 2.1. Fundamentos de la hibridación de ácidos nucleicos
• 2.2. Tipos de técnicas de hibridación. Enzimas de restricción. Etapas y factores que afectan a la hibridación
• 2.3. Ventajas e inconvenientes de los diferentes tipos de membranas y de marcaje de la sonda. Kits comerciales

3. Técnicas de Secuenciación de DNA

• 3.1. Fundamentos de la secuenciación de DNA. Métodos para la secuenciación de DNA. Métodos de purificación para la reacción de Secuenciación
• 3.2. Plataforma de secuenciación masiva de DNA. NGS: Secuenciación de Segunda Generación
• 3.3. Arquitectura y evolución del genoma.

Los contenidos del curso podrán sufrir modificaciones por parte del profesorado según criterios fundamentados a lo largo del mismo.

1. Wang Q, He J, Lei T, Li X, Yue S, Liu C, Hu Q. New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing. Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2025 Jul;1880(3):189298.
2. Luz RBDS, Paula AGP, Czaikovski AP, Nunes BSF, De Lima JD, Paredes LC, Bastos TSB, Richardson R, Braga TT. Macrophages and cardiac lesion in zebrafish: what can single-cell RNA sequencing reveal? Front Cardiovasc Med. 2025 Apr 11;12:1570582.
3. Tan K, Zhu H, Ma X. Liquid biopsy of circulating tumor cells: From isolation, enrichment, and genome sequencing to clinical applications. Histol Histopathol. 2025 Apr 23:18924.
4. Zhao X, Liu X, Wang Z, Wei S, Wu Z. Metagenomic next-generation sequencing for the diagnosis of Corynebacterium striatum meningitis: case report and literature review. BMC Neurol. 2025 Mar 26;25(1):127.
5. Boxer E, Feigin N, Tschernichovsky R, Darnell NG, Greenwald AR, Hoefflin R, Kovarsky D, Simkin D, Turgeman S, Zhang L, Tirosh I. Emerging clinical applications of single-cell RNA sequencing in oncology. Nat Rev Clin Oncol. 2025 May;22(5):315-326.
6. Wolfien M, David R, Galow AM. Single-Cell RNA Sequencing Procedures and Data Analysis. In: Helder I. N, editor. Bioinformatics. Brisbane (AU): Exon Publications; 2021 Mar 20. Chapter 2.
7. Heo Y, Manikandan G, Ramachandran A, Chen D. Comprehensive Evaluation of Error-Correction Methodologies for Genome Sequencing Data. In: Helder I. N, editor. Bioinformatics. Brisbane (AU): Exon Publications; 2021 Mar 20. Chapter 6.

• Science. https://www.sciencemag.org
• Oregon University. https://cgrb.oregonstate.edu/core/quantitation-analysis/droplet-digital-pcr
• Baylor College of Medicine. https://www.hgsc.bcm.edu/
• Nevada Genomics Center. https://www.unr.edu/genomics
• UR Genomics Research Center. University of Rochester. https://www.urmc.rochester.edu/research/rochester-genomics-center.aspx
• Centre for Genomic Research, University Liverpool. https://www.liverpool.ac.uk/genomic-research

El artículo 17 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que la convocatoria ordinaria estará basada preferentemente en la evaluación continua del estudiante, excepto para quienes se les haya reconocido el derecho a la evaluación única final.

• Pruebas, ejercicios y problemas, resueltos en clase o individualmente a lo largo del curso (se valorará la asistencia con aprovechamiento): 20%.
• Valoración final de informes, trabajos, proyectos, etc. (individual o en grupo): 20%.
• Pruebas escritas: 40%.
• Aportaciones del alumno en sesiones de discusión y actitud del alumno en las diferentes actividades desarrolladas: 20%.

El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una prueba y/o trabajo.

• Consistirá en una prueba escrita (60% de la nota) y la valoración de un trabajo elaborado por el alumno (40% de la nota) de cuyas características se informará una vez que el alumno no se haya presentado o suspendido la convocatoria ordinaria.

El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas. Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas. Lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.

La evaluación en tal caso consistirá en:

• Una prueba escrita (60% de la nota) y la valoración de un trabajo elaborado por el alumno (40% de la nota) de cuyas características se informará una vez que al alumno se le haya aceptado su solicitud de evaluación única.